/homeの設定ファイル群は
ディストリの違いというか
例えばGNOMEのバージョンが上がると非互換で書換えられた
新しいGNOMEの/へ/homeをマウントして使ってみて
古いGNOMEの/へ同じ/homeをマウントしたら設定が消えていた