具体的なエラーログや エラーの出るデータがわからんから他の人からはなんとも言えない
ffprobeのストリーム認識の問題なのか enc.jsでのエンコ設定の問題なのか/mirakurunからの環境設定の問題なのかも切り分けられないし

今日の「パリピ孔明」は[字][解][デ]で音声PID2本(各ステレオ AAC LC)、他に字幕、データ放送のPIDも含んでるが
別にffprobe/ffmpegで音声2つ見えているし ffprobe/ffmpegのメタデータ解析の問題じゃないように思えるけど..