”(ある種の番組で)2番目以降の音声ストリームが再生できない”というのが不具合の内容だとして
>>34 みたいに
- エンコ前のTSも１音声しか再生できない
という話と
- 正しくエンコできず1音声ストリームになってる
という話が混ざってない？

単にマルチ音声ストリームの番組のTSをうまく再生できない、ということならVLCやISDBパッチ当てたmpv使えばって話だし、
(自前ビルドしなくても https://github.com/tsunoda14/libdemulti2/releases/download/v0.1/mpv.zip にAppImageがある )
自分の使いたいプレーヤーが(1番組内に限定した)複数音声を認識sて切り替えられるか確認・対応するだけ.
(１本のTS内には、他のプログラムのストリームも混じってる場合があり、単純に見つかったストリームの順で
違う番組の音声ストリームに切り替えたりすると タイムスタンプが違ったりして止まってしまったり問題起きる場合ある)

正しくエンコできず１音声になってしまう、という問題なら
エンコ前のTSのffprobe、エンコ後のffprobeの出力をpastebinに貼るとか、
元のTSのサンプルのデータをどっかに貼るとかしないと、他の人は探りようがないよね...

そもそも例えばenv{AUDIOCOMPONENTTYPE}が誤って常に2に設定されてたら、デュアルモノでないマルチ音声の場合でも
enc.jsは最初の音声ストリームを２ストリームに分離して使用するだけで、他の音声ストリームは捨てる。
-> 音声ストリーム自体は2本あるけど、元は同じストリームの左・右の違いしか無いので、
実際には切り替えても気付かず1本と思えてるのかもしれない

本当にエンコ後に1音声ストリームしかないのであれば エンコ前のffprobeでaudio.stream.lengthがおかしいのか、
https://gitlab.com/oioi555/epgs-multicodec-encjs/-/blob/main/enc.js?ref_type=heads#L112
エンコ前・後のffprobeがわかれば、そういう可能性を確定・排除することができるし、
mapがおかしくて1音声ストリームになってるのであれば、
元のTS(のサンプル)に対してenc.jsと同じ引数でffmpegを手動で実行して、エラーやデバッグログを見ることもできるよ