つまりTSへのffprobeは、最初から1音声ストリームしか見えてなかったってことかな
# だからエンコ問題が発生するTSへのffprobeの出力みせてって言ったんだけど...

(mirakurunでどう録画の際にマージン取ってるか知らないけど)
番組開始時刻のちょっと前から録画開始してたり、あるいは
ぴったりに録画開始してても番組情報(PMT)を受信するまでのラグが(数秒?)発生したりして、
ffprobeが直前の番組の情報を見てしまい、検出をそこで辞めてしまうということが問題なら、
-skip_initial_bytes <int64> でファイルサイズの中間あたりから読むようにすればいいんじゃないの？

あとanalyzedurationを大きくしても-probesize のデフォルトが5MBだから数秒で先にそっちの制限で止まってるのかもね