efibootmgrとかって、WindowsもEFI領域を使ってるし、なんか怖いんよね

MBRならば怖くないのかというとそうでもないが、
だが影響するレイヤーがBIOSまでなのか、
それとももうちょっとOSの起動まで踏み込んでいるのか、でさ

Windowsは毎度のことデュアルブートのことなんて想定してないしさ

かといってブートフロッピーで起動してfdisk /mbrで復旧できるという訳でもなく