CobaltCasがどういう仕組みで動いているかわかってないので
いい加減なこと言ってると思うけど。
> For the Linux version, an API hook to libpcsclite is applied to the entire OS with libcobaltcas installed.
と書いてあるので、ホスト側でCobaltCas動かして、
Mirakurunからホスト側のpcscd使う設定で動いたりしないの？