コマンドって言っても調べれば出てくるし使ってれば覚える
別にファイルマネージャーでできることをわざわざ　ls　とかでやらなくてもいいと思うよ
俺が初心者の時Linuxがなんとなくわかったと思ったことはディレクトリ構造をファイラーで確認しまくった時だよ
それがWindowsとの一番の違いじゃないかとさえ思えるよ