すみません、アホな質問かもしれませんが、現在の内蔵HDDはパーティションが3つに分かれています。
Winで言うと先頭から ドライブC、ドライブD、そしてWinが認識しない「Winリカバリーエリア」です。
データがどうなってもいいとして、CドライブにLubuntuインストールして、Dドライブ領域とリカバリーエリアは残りますよね？