GPLはあくまでソフトウェアの配布を行うときに
配布対象者に対してソースの公開義務があるだけなので、
関係ない第三者にソースを公開する必要はない
さらに言えばどんな改変を行ったとしても外部に公開しなければソース公開する必要もないので、
軍内部でどんな改変を行ったとしても外に公開しない限りGPLが問題になることはない