sudo cp jdim.png /usr/share/pixmaps
がないからiconでないと判明した

#sudo ninja -C builddir install
sudo cp jdim.png /usr/share/pixmaps
sudo cp builddir/src/jdim /usr/local/bin
sudo cp jdim.png /usr/local/share/icons/hicolor/48x48/apps
sudo cp jdim.svg /usr/local/share/icons/hicolor/scalable/apps
sudo cp jdim.desktop /usr/local/share/applications
でDebinでもOkay