SSHログインして
opkg list-installed でインストールされたpkgを確認しておいて、
opkg list-changed-conffiles で変更されたconfigファイルを特定してバックアップ
(/etc/config/ 以下はLUCI で backupできるけど、それ以外のconfigがあれば
http://<;OpenWrt IP>/cgi-bin/luci/admin/system/flashops/backupfiles
に追記しておく)

そして、upgrade後にpkgをインストールして、config をリストアすればいいのではないかと思います。