その文章だとWin98とKnoppixがどこに入っているのかよく分からない。
パーティションは3分割してるの?
gurubからKnoppixとかWin98を指定してbootできませんか?
ブートローダーが起動するのは普通のことだと思うけど。
Grubの設定がうまく言ってないからWin98が起動できないと思う。