まぁLinuxって基本的に断片化するほど利用しないよね。
俺はLubuntu12.04を使い続ける！とか言いつつXubuntuインスコして奴もいるし。
そうやって頻繁にクリーンインストールを繰り返せばいつでもクリーンだ(笑)