ホスト:ArchLinux x86_64、ゲスト:Windows10Pro
の状態だとWinキーはウィンドウの選択状態で変わるな
VirtualBoxのゲストウィンドウを選択しているとゲストのWinキーが反応し
その他のウインドウが選択されている時はホストのWinキーが反応する
入力メニューでWinキーを設定できないかね?