正直、VC++で組んだWindowsネイティブはLinuxに移植しにくい。
ぶっちゃけ面倒。

最近、LinuxでもWindowsでも使う前提だとJava＋Swingで組んでるわ。
「Write Once, Debug Everywhere」な事には変わりないけど、
１度書けばいいしSwingはもう枯れてきてるから動かないとか変な動きするとか以前に比べて格段に減ったし。