cofigureが遅いのは、ファイルアクセスのせいはあまり関係ないと思う。
makeはそれほど遅くない。
cygwinと同じでforkが遅いせいだとおもう。
cofigure遅いといっても、cygwinにくらべたら、wslはだいぶ速い。

でも、native linuxからするとくそといいたくなるが。