普段Cygwin使ってないとわからないのかもしれないけど
fs構造がLinuxと分かれててWindows側の直接操作は難しいし
この時点でLinuxのWineと同じ問題を孕んでるんだよね
元がUnixなら同一環境なのでそもそもこの手の問題はない

そらまあまだ出たばかりだからこれから改善はするかも知れないけどね
現時点ではちょっとな