ところで、
その後、GNOMEを引き続き運用していますか？
busterのリリースノートのよれば、AppArmorがデフォルトで有効になるそうです。
新規インストールで有効になっていましたか？
こちらはMATEをインストールしていますが、そうなってはいません。
レビューがあったら助かります。

ちなみに、Debian WikiにあるAppArmorのページの通りにはならないようですよ。