ターミナルから
siki --enable-features=MiddleClickAutoscroll で起動かな。ちょっと動き変わるね。
ミドルクリックで＋みたいなマウスカーソルが出て、そのまま上にマウスを動かすと白い▲、マウスを下に動かすと白い▼
これのことかな。まずはテストしてみてここで効果なかったら無理だってことですね。

今後メニューから起動するんだったら
root権限で、下記をバックアップ
sudo cp -p /usr/share/applications/siki.desktop /usr/share/applications/siki.desktop.bpk
同じくルート権限で
/usr/share/applications/siki.desktop を編集
3行目 Exec=/opt/Siki/siki %U
↓
Exec=/opt/Siki/siki %U --enable-features=MiddleClickAutoscroll

に変更して保存
メニューの更新
sudo update-desktop-database -v

------------作業の戻し-----
問題発生した場合は
root権限で、destop ファイルを戻す
sudo mv /usr/share/applications/siki.desktop.bpk /usr/share/applications/siki.desktop
メニューの更新
sudo update-desktop-database -v
以上だよ
appimageの場合は。また今度

余談）sixel対応のterminalが増えてきたので、terminalでviのキーバインド使える5chブラウザほしいなぁ